Covid-19 ile yeni terimler ogrenmeye basliyoruz, pandemi, mutasyon, PCR tayini gibi. Peki ne olaki bu PCR metodu ? Ingilizce bir ifade olan PCR yani polymerase chain reaction, polimeraz zincir reaksiyonu. Bu yontemin temeli aslinda basit bir mantiga dayaniyor. Basitlestirmek gerekirse mantik fotokopi makinesi benziyor. Fotokopi makinesine gerekli mazlemeleri ve fotokopisi yapilacak bir dokuman koyuldugu zaman, siz… Daha fazla oku »
Real time PCR ya da gerçek zamanlı PCR cihazı (termal döngü cihazı) rekombinant DNA teknolojisinde kullanılan bir cihazdır. Bu cihaz klasik PCR cihazından farklı olarak çoğaltılan DNA fragmanlarını çoğaltıldığı anda görebilme imkanı verir. Klasik PCR metodunda PCR sonucu çoğaltılan DNA fragmanları agaroz jel sisteminde yürütülerek PCR ürünleri miktarı belirlenir.
Flow cytometry akım hücre ölçer ya da akım sitometri olarak ifade edilen cihaz hücre analizinde kullanılır. Bir karışım içerinde hangi hücrenin olduğunu ve bunun oranını öğrenmek için kullanılan ve steril şartlarda karışım içerisindeki istenilen hücrelerin canlı olarak ayırt edilmesine olanak sağlar. Akım hücre ölçer hücreleri öncelikle büyüklük ve granülite olarak ayırır. Bunun yanında hücrelerin canlı… Daha fazla oku »
PCR (polymerase chain reaction) polimeraz zincir reaksiyonu olarak da adlandırılan reaksiyon için kullanılan cihaza termal döngü cihazı denir. Thermal cycler ya da termal döngü cihazı çalışma prensibi oldukça basittir. Termal döngü cihazı sadece tanımlanan zaman aralığında sıcaklığı değiştirir. Peki bu kadar basit bir işlem nasıl olurda DNA kopyasını oluşturur. PCR cihazını incelemeden önce hücre içinde… Daha fazla oku »
FLOW CELL CYTOMETRY COMPENSATION Unlabelled boncuk (BD-comp beads beyaz kapaklı tüp) PMT voltaj ayarlarını yapmak için İmmunglobulin kappa içeren boncuk (BD-comp beads mavi kapaklı tüp-antikor bağlanma bölgesi içerir) Deneyde kullanılacak olan antikorlar ile ayrı ayrı muamale… Daha fazla oku »
Flow Akım Hücre Ölçer Cihazında Analiz İşlemi Cihaz açılır Damla kontrolü yapılır (Drop 1, sweat spot) ‘New experiment’ açılır Kullanılmayan parametreler kaldırılır ‘compensation’ yapılır (yeni yapılır ya da link kullanılır) ‘Specimen’ seçilir (çalışılacak kadar tüp seçilir-isimlendirme/hücre sayım miktarı girilir) ‘Global sheet’ açılır (grafikler düzenlenir) Örnek yüklenir FSC/SSC ayarlanır ‘Record yapılır’ Analiz işlemi için event to… Daha fazla oku »
FLOW Cell Sitometri Cihazı Kullanım Protokolü Cihazı açmadan önce atık ve sıvı tanklarını kontrol etmelisin.Büyük tankın basıncını almalısın Frequency : sıklık Amplitude: Şiddet Gap: ilk oluşan damla ile bir önceki damlanın arasındaki boşluğa denir Drop 1: ilk serbest damlanın ortası ile en üst nokta arasındaki mesafe Üst kısımda birbiri ile bağlantılı damlalar olmalı Aşağıda ise… Daha fazla oku »
Kapiller Elektroforez DNA Sekanslama Genomik DNA kalıbının hazırlanması Genomik DNA Standard yüksek moleküler ağırlıkta DNA izolasyonu protokolüne göre elde edilir. Genomik DNA konsantrasyonu spektrofotometrik yöntemlerle belirlenir. Ölçülen konsantrasyon değerine göre, genomic DNA steril, deiyonize su ile ya da 10 mM Tris, pH 8.0 ile dilüe edilir. İnsan geni için: DNA 30 ile 60… Daha fazla oku »
SDS POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ (SDS-PAGE) En yaygın kullanım alanı olan elektroforez tipidir. Jel sentetik bir madde olan akrilamid ile akrilamid türevi olan N-N’-metilen bisakrilamidin polimerleşmesiyle oluşturulur ve örnekler bu jel üzerinde yürütülür. Proteinler için çok uygun olduğu gibi DNA ve RNA elektroforezleri için de kullanılabilir. Akrilamid miktarı ve akrilamid/bisakrilamid oranı jelin ayrıştırma kapasitesini belirler. Akrilamid… Daha fazla oku »
PYROMARK Çalışılan parametreler; KRAS: 12-13, 61 primer miksi kullanılır. BRAF: V464- 469, V600 iki primer miksi kullanılır. Deney basamakları: DNA hazırlanışı DNA miktar belirleme PCR hazırlanışı Pyro station work , pyro sekans cihazı programı , holderların hazırlanması Bilgisayarda çalışma kağıdı hazırlama Hibridizasyon-Streptavidin Cihaza yükleme Analiz PCR hazırlanışı Her çalışmada ayrı tüplerde aşağıdakiler hazırlanır.… Daha fazla oku »